研究院设五个机构：

（1）国家古籍保护中心人才培训基地 

（2）中华古籍书目数据研究中心 

（3）复旦大学古籍保护研究中心 

（4）复旦大学数字人文资源库

（5）中华古籍保护技术基础科学实验室